沙门氏菌感染的治疗包括两个方面：即病因治疗及对症处理。病因治疗就是应用抗生素控制病菌繁殖和消灭病菌。不少沙门氏菌已对种抗生素产生耐药性，尤其是鼠伤寒杆菌。抗生素疗效不理想，给治疗带来较大困难。应选择效果好，副作用少的抗生素。对于年龄小，或病性重的患儿应采用静脉给予抗生素，并同时应用两种抗生素。用药时间应视病情而定，总疗程不应短于2周。也有采用体温恢复正常三天后，抗生至少减量再用1周的疗法。必须注意，在开始时抗生素用量不宜过大，特别是杀灭病菌的抗生素，如短时间内大量细菌死亡反可导致病情恶化，其原因是沙门氏菌可产生内毒素，内毒素存在于菌体内，当细菌被杀灭解体是即放出内毒素时，可使血中的内毒素增加，毒血症加重。
对症处理，也就是护理工作。要注意观察体温的动态变化。必须用体温表，不能用手摸来判定而乱用退热药。一般婴幼儿39度以上，年长儿38.5度以上才应用退热剂。不是高热可饮用温开水，也可发汗降温。高温40度以上时，可用酒精擦身。无酒精时也可用白少酒代替，用等量白酒和温开水，用块小布浸湿生擦颈部、腋下、腹股沟部、肘窝、胸窝、脚心，可使血管扩张散热，有立竿见影的效果。饮食以流食，半流食为主，无渣、少纤维，不油腻又易消化的食物，可防止肠出血，肠穿孔。高热，出汗，呕吐，腹泻时均可失去大量水分，应少量多次喂水。如有脱水表现，呕吐重，难以经口补水，应静脉输液，尿量减少，担示体内已缺水也应补水。还应密切观察病性变化，好转或加重，有无并发症症状的表现，及时发现才能及早处理，注意口腔，皮肤清洁卫生，以防再得其他病菌感染。
目前已有预防菌苗，为伤寒，副伤寒甲、乙三联菌苗，一般皮下注射3次，两次间隔10天，有效期一年，以后尚需每年加强1次，以保证产生有效的免疫力。注意饮食卫生是平时预防的关键，不吃死畜的肉，血和内脏；吃生的蔬菜和水果要洗干净；不吃不合格的市场饮料，并注意剩下的饭菜要冷藏，冷藏时间过久的切勿再吃，超过1天也应再次烧开后食用。
